Научные статьи // Новые ферменты
Новая сайт-специфическая эндонуклеаза рестрикции BpuN4I узнает и расщепляет последовательность ДНК 5’-G^GNNCC-3’
- Категория: Новые ферменты
- Просмотров: 7193
Из бактериального штамм Bacillus pumilus N4 выделена новая эндонуклеаза рестрикции BpuN4I, определена ее субстратная специфичность и место расщепления ДНК. Эндонуклеаза рестрикции BpuN4I узнает последовательность ДНК 5’-G↓GNNCC-3’ и расщепляет ее как указано стрелкой. Фермент, расщепляющий сайт 5’-GGNNCC-3’ с образованием четырехнуклеотидных 5'-липких концов, обнаружен впервые. Рестриктаза BpuN4I является неошизомером фермента NlaIV, имеющего такую же последовательность узнавания, но образующего фрагменты ДНК с тупыми концами.
Метилзависимая сайт-специфическая ДНК-эндонуклеаза BlsI узнаёт и расщепляет последовательность ДНК 5’-RYNRY-3’ при наличии в ней не менее двух 5-метилцитозинов
- Категория: Новые ферменты
- Просмотров: 5870
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова, Т. 9 , № 2 ,с. 30-38, 2013
Изучена субстратная специфичность метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазы BlsI. Показано, что BlsI гидролизует вырожденную последовательность ДНК 5’-RYNRY-3’ (где R – A или G, а Y – T или C) при наличии в ней двух или более 5-метилцитозинов. Эффективность гидролиза ДНК ферментом зависит от числа 5-метилцитозинов и их положения в узнаваемой последовательности. Поскольку эндонуклеаза BlsI расщепляет только С5-метилированную ДНК, она может быть использована в молекулярно-биологических и эпигенетических исследованиях для оценки метилирования геномной ДНК эукариот.
Новая сайт-специфическая метилзависимая ДНК эндонуклеаза PkrI узнаёт и расщепляет метилированную последовательность 5'-GCN^GC-3'/3'-CG^NCG-5', содержащую не менее 3-х 5-метилцитозинов
- Категория: Новые ферменты
- Просмотров: 11464
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова. – 2011. – Т. 7 – № 3 – С. 35 - 42
Из штамма бактерии Planomicrobium koreense 78k выделена новая сайт-специфическая метилзависимая ДНК эндонуклеаза PkrI, узнающая и расщепляющая как указано стрелкой метилированную последовательность ДНК 5'-GCN↑GC-3’/3’-CG↓NCG-5’ при наличии в ней не менее трёх 5-метилцитозинов и не расщепляющая неметилированную ДНК. Благодаря своей способности расщеплять только метилированную ДНК фермент PkrI может найти практическое применение в молекулярно-биологических работах, в частности, для определения статуса метилирования ДНК эукариот.
Новая метилзависимая сайт-специфическая ДНК- эндонуклеаза MteI расщепляет последовательность 5’-G(5mC)G(5mC)NG(5mC)GC-3’/3’-CG(5mC)GN(5mC)G(5mC)G-5’
- Категория: Новые ферменты
- Просмотров: 7036
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова. – 2012. – Т. 8 – № 1 – С. 16 - 26
Новая метилзависимая сайт-специфическая ДНК-эндонуклеаза MteI выделена из штамма бактерии Microbacterium testaceum 17B. Фермент узнает С5-метилированную последовательность ДНК и не гидролизует неметилированную ДНК. MteI является первой из метилзависимых сайт-специфических ДНК-эндонуклеаз, узнающих протяженный сайт, при этом активность фермента зависит от числа 5-метилцитозинов и их положения в узнаваемой последовательности. MteI расщепляет сайт 5’-G(5mC)G(5mC)↑NG(5mC)GC-3’/3’-CG(5mC)GN↓(5mC)G(5mC)G-5’ как указано стрелками и эта последовательность является минимальным сайтом узнавания. Активность фермента существенно возрастает при замене в минимальном сайте узнавания 5’-GC-3’ динуклеотидов на 5’-G(5mC)-3’ динуклеотиды и появлении дополнительных 5’-G(5mC)-3’ динуклеотидов на 5'-концах нонануклеотида в обеих цепях ДНК. Благодаря своей способности расщеплять только протяженные метилированные последовательности ДНК фермент MteI может найти практическое применение в молекулярно-биологических и эпигенетических работах.
Сайт-специфическая ДНК-эндонуклеаза FaiI узнает вырожденную четырёхнуклеотидную последовательность 5'-YA^TR-3'
- Категория: Новые ферменты
- Просмотров: 11162
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова. – 2011. – Т. 7 – № 2 – С. 11-16
Изучена субстратная специфичность новой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазы FaiI, которая узнает и расщепляет последовательность 5’-YA↑TR-3’, а также гидролизует с меньшей активностью сайт 5’-YA↑TY. При замене в последовательности узнавания одного из центральных AT нуклеотидов, фермент проявляет никазную активность, причем расщепляется та цепь сайта узнавания, в которой сохраняется тимин. FaiI расщепляет ДНК, содержащую в сайте узнавания 5-метилцитозин, N4-метилцитозин и N6-метиладенин. Ключевые слова: сайт-специфическая эндонуклеаза, вырожденная последовательность узнавания, мелкощепящая эндонуклеаза.
Подробнее: Сайт-специфическая ДНК-эндонуклеаза FaiI узнает вырожденную четырёхнуклеотидную...
Еще статьи...
- Новая метилзависимая сайт-специфическая эндонуклеаза KroI узнаёт и расщепляет последовательность ДНК 5'-G^C(5mC)GGC-3'
- Новая эндонуклеаза рестрикции AluBI из Arthrobacter luteus B- изошизомер AluI, нечувствительный к присутствию 5-метилцитозина в сайте узнавания AGCT
- Сайт-специфическая эндонуклеаза BlsI узнает последовательность ДНК 5’-G(5mC)N^GC-3’ и расщепляет ее с образованием 3’-выступающих концов
- Новая сайт-специфическая эндонуклеаза GluI узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)^NG(5mC)-3’/ 3’-(5mC)GN^(5mC)G-5’