Научные статьи // Исследования геномной ДНК
Физическая карта расщепления эндонуклеазами рестрикции Alu повторов человека
- Категория: Исследования геномной ДНК
- Просмотров: 16886
BMC Molecular Biology 2008, 9:305 - на английском языке
В человеческом геноме содержится большое число Alu-повторов. Разнообразие нуклеотидных последовательностей этих элементов затрудняет получение теоретических картин расщепления Alu-повторов эндонуклеазами рестрикции. Нами предложен метод рестрикционного анализа Alu-повторов in silico. Для анализа Alu-повторов и получения картин расщепления по сайтам узнавания нескольких эндонуклеаз рестрикции было использовано простое программное обеспечение. Построены рестрикционные карты Alu-повторов для соответствующих ферментов. Теоретические данные сравнивались с экспериментальными результатами гидролиза ДНК ферментами рестрикции, полученными ранее. Расщепление Alu-повторов вносит основной вклад в картины расщепления, получаемые при расщеплении геномной ДНК человека. Это соответствует экспериментальным данным по гидролизу суммарной ДНК человека эндонуклеазами рестрикции.
Подробнее: Физическая карта расщепления эндонуклеазами рестрикции Alu повторов человека
Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК мыши in vitro и in silico
- Категория: Исследования геномной ДНК
- Просмотров: 23382
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова, 2007, 3, №4, с. 19-27.
На основе ранее предложенного метода рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК мыши при ее расщеплении по 18 нуклеотидным последовательностям, являющимися сайтами узнавания эндонуклеаз рестрикции. Проведен анализ имеющихся в базе данных нуклеотидных последовательностей LINE1 повторов мыши и фрагментов ДНК, образующихся при расщеплении этих повторов. Установлено, что абсолютное большинство пиков на диаграммах расщепления хромосомной ДНК соответствуют аналогичным пикам, образуемым при расщеплении множества LINE1 повторов ДНК мыши по тем же нуклеотидным последовательностям. Получены экспериментальные картины гидролиза ДНК мыши соответствующими эндонуклеазами рестрикции. Проведено сравнение теоретически рассчитанных диаграмм распределения фрагментов и полученных картин гидролиза ДНК эндонуклеазами рестрикции. Показано, что при анализе препаратов ДНК с помощью электрофореза в геле визуализируются только продукты расщепления LINE1-повторов и γ-сателлитной ДНК мыши. Проделаны эксперименты по гидролизу хромосомной ДНК мыши 5-метилцитозин-зависимыми сайт-специфическими эндонуклеазами BlsI, GlaI и GluI.
Подробнее: Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК мыши in vitro и in silico
Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК крысы in vitro и in silico
- Категория: Исследования геномной ДНК
- Просмотров: 20676
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова, 2006, т. 2, №3, с. 39-46
На основе ранее предложенного метода рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК крысы при ее расщеплении по более чем 25 нуклеотидным последовательностям, являющимися сайтами узнавания эндонуклеаз рестрикции. При проведении рестрикционного анализа in vitro получены картины электрофореза в агарозном или полиакриламидном гелях продуктов гидролиза ДНК крысы всеми этими ферментами. Проведено сравнение теоретически рассчитанных диаграмм распределения фрагментов и экспериментально полученных данных по гидролизу ДНК соответствующими эндонуклеазами рестрикции.
Подробнее: Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК крысы in vitro и in silico
Рестрикционный анализ ДНК человека – новые возможности в ДНК-диагностике
- Категория: Исследования геномной ДНК
- Просмотров: 27348
Медицинская генетика, Т.6, № 8, с 29-36, 2007
Изучены возможности использования метода расщепления хромосомной ДНК человека эндонуклеазами рестрикции в работах по медицинской генетике. На основе ранее опубликованной работы по анализу геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК человека при ее расщеплении по 15 нуклеотидным последовательностям, которые являются сайтами узнавания рестриктаз. Проведен анализ первичной структуры Alu- и LINE1-повторов ДНК и построены диаграммы распределения фрагментов ДНК повторов при ее расщеплении по этим 15 нуклеотидным последовательностям. При этом показано, что диаграммы распределения получаемых низкомолекулярных фрагментов хромосомной ДНК соответствуют диаграммам распределения фрагментов Alu-повторов, тогда как картины распределения высокомолекулярных фрагментов аналогичны диаграммам распределения LINE1-повторов. Получены картины гидролиза ДНК человека соответствующими эндонуклеазами рестрикции и проведено сравнение теоретических диаграмм распределения фрагментов и экспериментально полученных результатов. Обсуждаются перспективы применения сайт-специфических эндонуклеаз в ДНК-диагностике.
Читать полный текст статьи Рестрикционный анализ ДНК человека – новые возможности в ДНК-диагностике
Метод рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico
- Категория: Исследования геномной ДНК
- Просмотров: 40836
Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю. А. Овчинникова, 2006, т. 2, №3, с 29-38
Предложен метод получения теоретических картин расщепления хромосомной ДНК млекопитающих эндонуклеазами рестрикции. Основываясь на опубликованных в последнее время данных по первичной структуре геномов, проведен расчет и построены диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК мыши, крысы и человека, полученных при расщеплении по последовательностям 5’-GGCC-3', 5'-CCGG-3', 5'-GATC-3' и 5'-CC(A/T)GG-3'. Проделаны эксперименты по гидролизу хромосомной ДНК эндонуклеазами рестрикции HaeIII, MspI, Kzo9I и Bst2UI, имеющими соответствующие сайты узнавания, и показано соответствие между рассчитанными диаграммами и экспериментально полученными картинами рестрикции ДНК.
Читать полный текст статьи Метод рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico