Субстратная специфичность новой ДНК-эндонуклеазы GlaI

 

Тарасова Г.В., Наякшина Т.Н., Дегтярев С.Х.

BMC Molecular Biology 2008, 9:7 - на английском языке

 

Ранее нами были обнаружены сайт-специфические эндонуклеазы, расщепляющие только последовательности ДНК, содержащие 5-метилцитозин. Две специфичности таких эндонуклеаз были описаны. Ферменты BisI, BlsI и GluI являются изошизомерами и гидролизуют последовательность ДНК 5’-GCNGC-3', которая полностью или частично метилирована с образованием 5-метилцитозинов. Фермент GlaI узнает 5’- GС↑GC-3’, если два, три или четыре ее цитозиновых основания метилированы. Целью данной работы стало изучение влияния нуклеотидной последовательности и метилирования цитозиновых оснований в сайте узнавания на эффективность гидролиза ДНК ферментом GlaI. В предыдущей работе мы изучали зависимость активности GlaI от количества и положения 5-метилцитозинов в сайте узнавания фермента 5'-GCGC-3'/3'-CGCG-5'. Значительный гидролиз ДНК наблюдался для олигонуклеотидных дуплексов, содержащих три или четыре 5-метилцитозина. В данной работе предметом нашего изучения стала зависимость активности GlaI от количества и положения метилированных цитозинов, а также от состава узнаваемой последовательности. В список хороших субстратов для GlaI мы включили полностью метилированный сайт 5’-GMGM-3’/3’-MGMG-’, сайты с тремя метилированными цитозинами 5’-PuМGМ-3’/3’-PyGМG-5’ и одну последовательность узнавания с двумя 5-метилцитозинами 5’-AМGT-3’/3’-TGМA-5’. GlaI субстраты со средней активность представлены сайтами с тремя метилированными цитозинами и общей структурой 5’-GМPuМ-3’/3’-МGPyG-5’, а также сайтами с двумя 5-метилцитозинами 5’-PuМGT-3’/3’-PyGМA-5’. Сайт 5’-GМGC-3’/3’-CGМG-5’ можно считать плохим субстратом для GlaI.

 

Полный текст статьи доступен на официальном сайте BMC (на английском языке).