 | |
| Новая сайт-специфическая метилзависимая ДНК эндонуклеаза PkrI узнаёт и расщепляет метилированную последовательность 5'-GCN^GC-3'/3'-CG^NCG-5', содержащую не менее 3-х 5-метилцитозинов |
|
| | Из штамма бактерии Planomicrobium koreense 78k выделена новая сайт-специфическая метилзависимая ДНК эндонуклеаза PkrI, узнающая и расщепляющая как указано стрелкой метилированную последовательность ДНК 5'-GCN↑GC-3’/3’-CG↓NCG-5’ при наличии в ней не менее трёх 5-метилцитозинов и не расщепляющая неметилированную ДНК.
Благодаря своей способности расщеплять только метилированную ДНК фермент PkrI может найти практическое применение в молекулярно-биологических работах, в частности, для определения статуса метилирования ДНК эукариот. | |
|
|
| |
| |
| Сайт-специфическая ДНК-эндонуклеаза FaiI узнает вырожденную четырёхнуклеотидную последовательность 5'-YA^TR-3' |
|
| | Изучена субстратная специфичность новой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазы FaiI, которая узнает и расщепляет последовательность 5’-YA↑TR-3’, а также гидролизует с меньшей активностью сайт 5’-YA^TY. При замене в последовательности узнавания одного из центральных AT нуклеотидов, фермент проявляет никазную активность, причем расщепляется та цепь сайта узнавания, в которой сохраняется тимин. FaiI расщепляет ДНК, содержащую в сайте узнавания 5-метилцитозин, N4-метилцитозин и N6-метиладенин.
Ключевые слова: сайт-специфическая эндонуклеаза, вырожденная последовательность узнавания, мелкощепящая эндонуклеаза.
| |
|
|
| |
| |
| Новая метилзависимая сайт-специфическая эндонуклеаза KroI узнаёт и расщепляет последовательность ДНК 5'-G^C(5mC)GGC-3' |
|
| | Выделена новая 5-метилцитозин-зависимая сайт-специфическая ДНК эндонуклеаза KroI из Kocuria rosea 307, узнающая и расщепляющая последовательность ДНК 5'-G^CCGGC-3'/3'-CGGCC^G-5' при наличии в центральном динуклеотиде и его комплементе 5'-CG-3'/3'-GC-5' одного или двух 5-метилцитозинов. КroI не гидролизует неметилированную ДНК, а также метилированные последовательности 5'-G(5mC)CGGC-3'/3'-CGGC(5mC)G-5' и 5'-G(5mC)CGG(5mC)-3'/3'-(5mC)GGC(5mC)G-5'.
KroI является первой сайт-специфической метилзависимой эндонуклеазой, узнающей невырожденную шестинуклеотидную последовательность. Благодаря своей способности расщеплять только метилированную ДНК фермент KroI может найти практическое применение в молекулярно-биологических работах, в частности, для определения статуса метилирования ДНК эукариот.
| |
|
|
| |
| |
| Новая сайт-специфическая эндонуклеаза GluI узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)^NG(5mC)-3’/3’-(5mC)GN^(5mC)G-5’. |
|
| | Из бактериального штамма Glacial ice bacterium GL24 была выделена и охарактеризована новая сайт-специфическая эндонуклеаза GluI. Этот фермент узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)^NG(5mC)-3’/3’-(5mC)GN^(5mC)G-5’ расщепляет ее, как указано стрелкой. Благодаря своей способности расщеплять только высокометилированную ДНК фермент GluI может найти практическое применение в генно-инженерных работах, а также для определения статуса метилирования ДНК эукариот. | |
|
|
| |
| |
| Сайт-специфическая эндонуклеаза BlsI узнает последовательность ДНК 5’-G(5mC)N^GC-3’ и расщепляет ее с образованием 3’-выступающих концов |
|
| | Из природных изолятов выделен бактериальный штамм Bacillus simplex 23, продуцент сайт-специфической эндонуклеазы BlsI. Этот фермент узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)N^GC-3’, как и обнаруженная ранее сайт-специфическая эндонуклеаза BisI (сайт узнавания 5’-G(5mC)^NGC-3’), но, в отличие от последней, расщепляет ДНК с образованием однонуклеотидных 3’-выступающих концов. Благодаря своей способности расщеплять только метилированную ДНК фермент BlsI может найти практическое применение в генно-инженерных работах, а также для определения статуса метилирования ДНК эукариот. | |
|
|
| |
| |
| Новая эндонуклеаза рестрикции AluBI из Arthrobacter luteus B- изошизомер AluI, нечувствительный к присутствию 5-метилцитозина в сайте узнавания AGCT |
|
| | Описаны свойства новой эндонуклеазы рестрикции, AluBI, узнающей и расщепляющей последовательность AGCT и являющейся изошизомером хорошо известной рестриктазы AluI. Фермент AluBI, в отличие от AluI, расщепляет ДНК в случае, когда цитозиновые основания в сайте узнавания метилированы в положение С5. AluBI также расщепляет последовательность узнавания с одним С5-метилированным и другим N4-метилированным цитозинами, однако не расщепляет ДНК при модификации обоих цитозинов в положение N4. | |
|
|
| |
| |
| Новая эндонуклеаза рестрикции GlaI узнает метилированную последовательность 5’-G(5mC)^GC-3’. |
|
| | Из бактериального штамма GL29 была выделена и охарактеризована новая эндонуклеаза рестрикции GlaI. Этот фермент узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)↓GC-3’ и расщепляет ее, как указано стрелкой. Благодаря своей способности расщеплять только метилированную ДНК GlaI может найти практическое применение в генно-инженерных работах, а также для определения статуса метилирования ДНК эукариот. | |
|
|
| |
| |
| Новая сайт-специфическая эндонуклеаза AbsI из Arthrobacter species 7М06 узнает октануклеотидную палиндромную последовательность ДНК 5’-CC^TCGAGG-3’ |
|
| | Обнаружен бактериальный штамм Arthrobacter species 7М06, который является продуцентом новой сайт-специфической эндонуклеазы AbsI. Фермент AbsI узнает палиндромную октануклеотидную последовательность ДНК 5’-CC^TCGAGG-3’ и гидролизует ее после второго цитозина, образуя, таким образом, 5’-выступающие «липкие» концы, которые совместимы с концами, образующимися при гидролизе ДНК эндонуклеазами рестрикции XhoI (5’-C^TCGAG-3’), PspXI (5’-VC^TCGAGB-3’) и SalI (5’-G^TCGAC-3’). Среди всех известных редкощепящих эндонуклеаз рестрикции AbsI является единственным ферментом, не имеющим сайтов узнавания на стандартных субстратов, таких как ДНК фагов лямбда и Т7, а также аденовирусной ДНК типа 2 | |
|
|
| |
| |
| Новая эндонуклеаза рестрикции Bis I из Bacillus subtilis Т30 узнаёт метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)↓NGC-3’ |
|
| | Из природных изолятов выделен бактериальный штамм Bacillus subtilis Т30, продуцент новой эндонуклеазы рестрикции Bis I. Этот фермент узнает метилированную последовательность ДНК 5’-G(5mC)↓NGC-3’ и расщепляет ее, как указано стрелкой. Вследствие расщепления только модифицированной ДНК, фермент Bis I может найти широкое применение для определения метилированных участков на эукариотической ДНК. | |
|
|
| |
| |
| Термолабильная щелочная фосфатаза из психрофильного микроорганизма Alteromonas undina P2 |
|
| | Из природных изолятов нами был выделен продуцент термолабильной щелочной фосфатазы, идентифицированной как вид бактерии Alteromonas undina P2. Описан способ очистки фермента. Определены оптимальные условия действия щелочной фосфатазы: 0.1 М глицин-NaOH pH 9.5, 10 мМ MgCl2 и 0.1 мМ ZnCl2. Фермент наиболее активен при 30оC. При 6оC уровень активности щелочной фосфатазы превышает 50% от максимальной. Прогревание ферментного препарата в течение 20 мин при 65о приводит к полной необратимой инактивации фосфатазы. | |
|
|
| |
| |
| Новая эндонуклеаза рестрикции PspXI узнает необычную последовательность днк 5’-VC^TCGAGB-3’ |
|
| | Нами обнаружен бактериальный штамм Pseudomonas species X11, который является продуцентом новой эндонуклеазы рестрикции, названной PspXI. Этот фермент узнает восьминуклеотидную последовательность ДНК с необычным, V-B типом вырожденности: 5’-VCTCGAGB-3’, где V означает A, C или G, а B означает T, C или G. Препарат эндонуклеазы рестрикции PspXI с концентрацией 10000 ед/мл был получен путем очистки в четыре хроматографические стадии. Показано, что PspXI гидролизует сайт узнавания между C и T, с образованием 5’-выступающих “липких” концов, совместимых с концами, образующимися при гидролизе ДНК эндонуклеазами рестрикции XhoI (5’-C^TCGAG-3’) и SalI (5’-G^TCGAC-3’). | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеаза рестрикции AjnI из Acinetobacter johnsonii R2 — изошизомер EcoRII, узнаёт 5’-↓CCWGG-3’, но не блокируется dcm-метилированием |
|
| | Из природных изолятов был выделен новый продуцент эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы), идентифицированный как вид Acinetobacter johnsonii R2, а его рестриктаза названа AjnI. Описан способ очистки и оценки активности фермента. Показано, что рестриктаза AjnI образует фрагменты ДНК с 5’-CCWGG выступающими концами, как и EcoRII, но не блокируется dcm-метилированием. Рестриктаза AjnI может найти широкое применение в генетической инженерии. | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеазы рестрикции FalI и FalII из Flavobacterium aquatile Ob10 узнают 5'-(8/13)AAG(N)5CTT(13/8)-3' и 5'-CG↓CG-3', соответственно |
|
| | Из водных изолятов нами выделен штамм Flavobacterium aquatile Ob10, который продуцирует две эндонуклеазы рестрикции FalI и FalII. FalI является новым прототипом и узнает последовательность ДНК 5'-(8/13)AAG(N)5CTT(13/8)-3'. Фермент FalI стимулируется S-аденозилметионином и расщепляет ДНК с обеих сторон от узнаваемой последовательности. Таким образом, FalI принадлежит к BcgI-подтипу эндонуклеаз рестрикции. FalII расщепляет ДНК по сайту 5'-CG↓CG-3', являясь, таким образом, изошизомером FnuDII. | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеаза рестрикции ВmtI из Bacillus megaterium S2 расщепляет ДНК по 5'-GCTAG^C-3 |
|
| | Обнаружен новый штамм - продуцент эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы) BmtI, который был идентифицирован как бактериальный вид Bacillus megaterium S2. Описаны схема очистки фермента и некоторые его свойства. Показано, что рестриктаза BmtI является гетерошизомером хорошо известного фермента NheI (расщепляет 5'-G^CTAGC-3') и разрушает ДНК, образуя фрагменты с выступающими CTAG-3'- концами. Рестриктаза BmtI может быть использована в генетической инженерии. | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеаза рестрикции Bst19 I из штамма Bacillus stearothermophilus, узнающая последовательность ДНК 5’-GCATC-3’ |
|
| | Выделен штамм Bacillus stearothermophilus 19 являющийся продуцентом новой эндонуклеазы рестрикции Bst19I. Получен препарат фермента и изучены его свойства, включая его субстратную специфичность и место расщепления ДНК. Эндонуклеаза рестрикции Bst19I идентифицирована как гетерошизомер рестриктазы SfaNI, узнающий последовательность 5’-GCATC-3’ и гидролизующий ДНК на расстоянии 4 и 6 нуклеотидов от сайта узнавания на верхней и нижней цепях соответственно. | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеаза рестрикции FatI из Flavobacterium aquatile NL3 расщепляет ДНК по сайту 5'-^CATG - 3' |
|
| | Новый продуцент эндонуклеазы рестрикции был получен из природных изолятов и идентифицирован как вид бактерии Flavobacterium aquatile NL3, а соответствующая рестриктаза названа FatI. Описаны способ очистки и определение активности фермента. Показано, что рестриктаза FatI образует фрагменты ДНК с 5'-CATG выступающими концами и может найти широкое применение в генетической инженерии. | |
|
|
| |
| |
| Выделение и характеристика эндонуклеазы I из Proteus vulgaris 84 |
|
| | Фермент с молекулярной массой 33 кД был выделен и очищен более чем в 200 раз. Определены оптимальные условия действия фермента: pH 9,5, 25 мМ MgCl2, 100 мМ NaCl. Фермент наиболее активен при 37°C. Показано, что выделенный фермент является эндонуклеазой, которая гидролизует нативную и денатурированную нагреванием ДНК и РНК до олигонуклеотидов длиной 3-5 нуклеотидных остатка с 5 -фосфатом на конце. | |
|
|
| |
| |
| Эндонуклеаза рестрикции ZraI из Zoogloea ramigera 11 узнает 5'-GAC↓GTC-3' |
|
| | Из природных изолятов нами выделен продуцент эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы), идентифицированный как вид бактерии Zoogloea ramigera 11, а его рестриктаза была названа ZraI. Описан способ очистки фермента и определения его активности. Показано, что фермент ZraI расщепляет ДНК с образованием тупых концов и может найти широкое применение в генетической инженерии. | |
|
|
| |
| |
| Новая сайт-специфическая ДНК-никаза N.Bst9I из Bacillus stearothermophilus 9 |
|
| | В ходе скрининга бактериальных штаммов, выделенных из природных изолятов, нами обнаружен штамм Bacillus stearothermophilus 9, продуцирующий новую сайт-специфическую ДНК-никазу, названную N.Bst9I. N.Bst9I узнает и расщепляет в ДНК последовательность 5'-GAGTCNNNN^-3', являясь таким образом изошизомером ранее обнаруженного нами фермента N.BstSEI. Однако ферментативные свойства этих двух ферментов существенно различаются, причем использование N.Bst9I в генно-инженерных и биотехнологических работах предпочтительнее, так как он практически не проявляет дополнительную активность, характерную для N.BstSEI. | |
|
|
| |
| |
| AccBSI - новая эндонуклеаза рестрикции из Acinetobacter calcoaceticus BS |
|
| | Установлен сайт узнавания новой эндонуклеазы рестрикции AccBSI из бактериального штамма Acinetobacter calcoaceticus BS, представляющий собой непалиндромную последовательность нуклеотидов
5-GAGCGG-3'
3'-CTCGCC-5'
Разрыв обеих цепей ДНК рестриктаза AccBSI производит в середине узнаваемой последовательности, поэтому лигазная сшивка образующихся фрагментов приводит как к восстановлению сайтов узнавания AccBSI, так и к образованию палиндромных последовательностей, служащих сайтами узнавания рестриктаз SacI и SacII. | |
|
|
| |
| |
| N.BstSE - сайт-специфическая никаза из Bacillus stearothermophilus SE-589 |
|
| | Из штамма Bacillus stearothermophilus SE-589 выделена сайт-специфическая никаза, узнающая и гидролизующая последовательность ДНК в указанном стрелкой положении:
5'-G-A-G-T-C-N-N-N-N^N-N-3'
3'-C-T-C-A-G-N-N-N-N-N-N-5'
Изучение свойств этого фермента, названного N.BstSE, свидетельствует о его вероятном родстве с эндонуклеазами рестрикции типа II.
| |
|
|
| |
| |
