| |  | | | | | | Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК мыши in vitro и in silico | |
| | На основе ранее предложенного метода рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК мыши при ее расщеплении по 18 нуклеотидным последовательностям, являющимися сайтами узнавания эндонуклеаз рестрикции. Проведен анализ имеющихся в базе данных нуклеотидных последовательностей LINE1 повторов мыши и фрагментов ДНК, образующихся при расщеплении этих повторов. Установлено, что абсолютное большинство пиков на диаграммах расщепления хромосомной ДНК соответствуют аналогичным пикам, образуемым при расщеплении множества LINE1 повторов ДНК мыши по тем же нуклеотидным последовательностям. Получены экспериментальные картины гидролиза ДНК мыши соответствующими эндонуклеазами рестрикции. Проведено сравнение теоретически рассчитанных диаграмм распределения фрагментов и полученных картин гидролиза ДНК эндонуклеазами рестрикции. Показано, что при анализе препаратов ДНК с помощью электрофореза в геле визуализируются только продукты расщепления LINE1-повторов и γ-сателлитной ДНК мыши. Проделаны эксперименты по гидролизу хромосомной ДНК мыши 5-метилцитозин-зависимыми сайт-специфическими эндонуклеазами BlsI, GlaI и GluI. | |
| |
| | | | | Рестрикционный анализ ДНК человека – новые возможности в ДНК-диагностике | |
| | Изучены возможности использования метода расщепления хромосомной ДНК человека эндонуклеазами рестрикции в работах по медицинской генетике. На основе ранее опубликованной работы по анализу геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК человека при ее расщеплении по 15 нуклеотидным последовательностям, которые являются сайтами узнавания рестриктаз. Проведен анализ первичной структуры Alu- и LINE1-повторов ДНК и построены диаграммы распределения фрагментов ДНК повторов при ее расщеплении по этим 15 нуклеотидным последовательностям. При этом показано, что диаграммы распределения получаемых низкомолекулярных фрагментов хромосомной ДНК соответствуют диаграммам распределения фрагментов Alu-повторов, тогда как картины распределения высокомолекулярных фрагментов аналогичны диаграммам распределения LINE1-повторов. Получены картины гидролиза ДНК человека соответствующими эндонуклеазами рестрикции и проведено сравнение теоретических диаграмм распределения фрагментов и экспериментально полученных результатов. Обсуждаются перспективы применения сайт-специфических эндонуклеаз в ДНК-диагностике. | |
| |
| | | | | Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК крысы in vitro и in silico | |
| | На основе ранее предложенного метода рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico рассчитаны диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК крысы при ее расщеплении по более чем 25 нуклеотидным последовательностям, являющимися сайтами узнавания эндонуклеаз рестрикции. При проведении рестрикционного анализа in vitro получены картины электрофореза в агарозном или полиакриламидном гелях продуктов гидролиза ДНК крысы всеми этими ферментами. Проведено сравнение теоретически рассчитанных диаграмм распределения фрагментов и экспериментально полученных данных по гидролизу ДНК соответствующими эндонуклеазами рестрикции. | |
| |
| | | | | Метод рестрикционного анализа геномов млекопитающих in silico | |
| | Предложен метод получения теоретических картин расщепления хромосомной ДНК млекопитающих эндонуклеазами рестрикции. Основываясь на опубликованных в последнее время данных по первичной структуре геномов, проведен расчет и построены диаграммы распределения фрагментов хромосомной ДНК мыши, крысы и человека, полученных при расщеплении по последовательностям 5’-GGCC-3', 5'-CCGG-3', 5'-GATC-3' и 5'-CC(A/T)GG-3'. Проделаны эксперименты по гидролизу хромосомной ДНК эндонуклеазами рестрикции HaeIII, MspI, Kzo9I и Bst2UI, имеющими соответствующие сайты узнавания, и показано соответствие между рассчитанными диаграммами и экспериментально полученными картинами рестрикции ДНК | |
| |
| | | | | Использование рестрикционного анализа амплифицированного гена 16S РНК для идентификации микроорганизмов на примере бактериальных продуцентов термолабильной щелочной фосфатазы | |
| | Предложен метод идентификации микроорганизмов, основанный на анализе полиморфизма длин фрагментов рестрикции (ПДФР) ПЦР-продукта гена 16S РНК длиной 1500 нуклеотидов. Подобран набор из 6 эндонуклеаз рестрикции (Sse9I, Tru9I, BsuRI, MspI, BstMBI и RsaI), позволяющий с помощью ПДФР проводить идентификацию широкого спектра микроорганизмов.
Из природных изолятов морской воды выделены четыре штамма-продуцента термолабильной щелочной фосфатазы. Проведенный анализ ПДФР для данных штаммов в сравнении с расчетными результатами, полученными для генов 16S РНК различных микроорганизмов, позволил установить, что выявленные продуценты относятся к роду Alteromonas.
| |
| |
| | | |
| | | | | |
|
